На 2м виртуальном сервере создан механизм, позволяющий полностью изолировать пользователей друг от друга. В связи с этим накладываются некоторые ограничения на использование скриптов:

а) исполнение cgi и perl по умолчанию выключено. Для включения необходимо в каталоге со скриптами в файла .htaccess написать примерно следующее:
<files index.cgi>
Options +ExecCgi
</files>
соответственно, для .pl:
<files index.pl>
Options +ExecCgi
</files>

б) Скрипты php исполнаются от пользователя www и группы www. PHP работает в режиме защиты (Safe Mode).
Функции исполнения внешних программ выключены, доступ к файлам возможен только в пределах домашнего каталога.

в) Все внешние скрипты исполняются от пользоватея владельца домашнего каталога. При этом у скрипта должны отсутствовать права на запись у группы и остальных (chmod go-w), иначе вэб-сервер не разрешит выполнение этих скриптов. Также необходимым условием является группа www у скрипта и у каталога, где расположен скрипт.